El Colegio de San Nicolás Obispo, fue fundado por don Vasco de Quiroga en 1540, en el cual se formaban sacerdotes y se impartía educación elemental a los niños. Al trasladarse la sede del obispado y del propio colegio a Valladolid en 1580, el inmueble quedó bajo la dirección de los jesuitas, hasta que por decreto real fueron expulsados de la Nueva España en el siglo XVIII, quedando la finca en el abandono, sirviendo como mesón, vecindad, escuela primaria y centro de reuniones agraristas hasta el año de 1938 por orden presidencial, se le eligió como sede del Museo Regional de Artes e Industrias Populares y desde 1942 forma parte de la red de museos del INAH.

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